Nivel Directivo:

Despacho del Contralor,Comité de Directores y Asesores, Unidad de Auditoría Interna, Director General.

Nivel Normativo:

(Asesoría y Apoyo): Dirección de Servicios Jurídicos, Dirección de Administración y Servicios, Dirección Técnica, Dirección de Recursos Humanos, Oficina de Atención al Ciudadano.

Nivel Operativo:

Dirección de Control de la Administración Central y Otro Poder, Dirección de Control de la Administración Descentralizada, Dirección de Determinación de Responsabilidades Administrativas.